Фамилия Кракан редкая и звучит необычно. Её происхождение почти наверняка связано не с именем, а с прозвищем, причем корень здесь не славянский, а тюркский или, что вероятнее, финно-угорский.

Основная версия отсылает к тюркскому слову «каракан» или «қарақан». В тюркских языках это составное слово: «кара» (чёрный) + «кан» (хан, кровь, либо суффикс). Чаще всего «каракан» означало «чёрный хан» или «знатный, сильный человек» (в переносном смысле — властный, суровый). Прозвище Кракан могли дать человеку с тёмными волосами, смуглой кожей или строгим, «ханским» нравом. В русской среде при заимствовании произошло типичное упрощение: безударный гласный «а» в первом слоге редуцировался, а слово «Каракан» на слух превратилось в «Кракан».

Менее распространённая, но возможная версия — от финно-угорского корня. В коми-пермяцком языке есть слово «крак» (сухой, хрупкий) или «кракны» (трещать, хрустеть). Прозвище Кракан могло закрепиться за человеком с хриплым, «трескучим» голосом или за тем, кто был очень худым, «сухим». Это объяснение хорошо ложится на географию: фамилия встречается на севере и северо-востоке европейской части России, где сильно влияние финно-угорских языков.

Суффикс -ан в фамилии — скорее всего, остаток тюркского суффикса или часть корня, а не русский суффикс. В русском языке суффикс -ан (-ян) часто образовывал прозвища от глаголов или прилагательных (резать — Резан, толстый — Толстян), но в случае с Кракан основа не прослеживается в чисто славянской лексике. Поэтому говорить, что фамилия образована от русского глагола «кракать» (издавать звук, похожий на воронье карканье), можно, но это народная этимология: такого глагола в литературном русском языке нет, есть только звукоподражательное «каркать».

Фамилия Кракан — одна из тех, что указывает на этническую или языковую границу. Носители этой фамилии, скорее всего, потомки людей из Поволжья, Прикамья или Сибири, где русские контактировали с тюркскими или финно-угорскими народами. Прозвище могло быть дано либо пришлому человеку (татарину, башкиру, коми), либо русскому, перенявшему характерные черты соседей. Сословного барьера фамилия не имела: её могли носить и крестьяне, и служилые люди.