Фамилия Кракотец — редкий пример того, как прозвище, связанное с голосом и звукоподражанием, закрепилось в форме, указывающей на принадлежность к роду. В её основе лежит прозвище Кракота, которое образовано от общеславянского глагола «кракать» — то есть «каркать». В сербском, словенском, словацком и польском языках сохранились близкие формы: кракати, krakati, krakаt, krakac. Смысл один — подражание вороньему крику.

Прозвище Кракота могли дать по манере говорить: отрывистый, звонкий или хрипловатый голос. Но есть и вторая, не менее вероятная версия: в древности умение подражать птичьим голосам ценилось на охоте. Человек, умевший с точностью воспроизводить крик птицы, мог получить такое прозвище как знак мастерства, а не как насмешку. Со временем прозвище вытеснило прежнее родовое имя и закрепилось в документах.

Фамилия Кракотец стоит в ряду так называемых «патронимических» прозвищных фамилий, но здесь интересна модель образования. Суффикс -ец в восточнославянских фамилиях встречается реже, чем -ов или -ин, и часто указывает на выходца из какой-либо местности или на носителя признака: ср. Краковец (из Кракова), Беловец, Молодец. В случае Кракотец суффикс присоединился к основе «Кракота», и фамилия стала означать «сын Кракоты» или «человек из рода Кракоты». Такая форма характерна скорее для западнорусских и украинских земель, чем для центральной России.

О сословной принадлежности носителей фамилии Кракотец сказать что-то определённое сложно: прозвище могло возникнуть и в крестьянской, и в казачьей среде. Встречаемость фамилии невысока, что подтверждает её локальное бытование. Сравните с однокоренными Краков, Кракатов, Кракосевич — все они восходят к тому же звукоподражательному корню, но каждый по-своему осмысляет исходное прозвище.