Фамилия Крапухин образована от прозвища или нецерковного имени Крапуха. В основе, скорее всего, лежит диалектное слово «крапуха» — так в некоторых славянских говорах называли крапиву. Человек мог получить такое прозвище за резкий, «колючий» характер или за худое, жилистое телосложение, ассоциировавшееся с этим растением. Встречается и другая версия: «крапуха» могло означать «рябой», «пятнистый» (от «крап» — пятно, крапинка), то есть прозвище могли дать по внешности.

Фамилия образована по продуктивной модели на -ин. Суффикс -ин в русских фамилиях указывает на принадлежность: Крапухин — «сын Крапухи» или «из семьи Крапухи». Такая модель типична для прозвищ и имён, оканчивающихся на -а, -я. Подобные именования широко представлены в ономастике восточных, западных и южных славян, но именно форма на -ин — характерный признак северных и центральных областей России.

Фамилия редкая. Её географическое ядро, судя по разрозненным данным, тяготеет к регионам, где были распространены говоры с «окающим» произношением и активным использованием уменьшительных суффиксов. Встречается также вариант написания «Кропухин» — с корнем «кроп-», что может быть связано с другим диалектным словом (например, «кропать» — делать мелкую, кропотливую работу). Однако вариант с «а» (Крапухин) встречается чаще и увереннее выводится из «крапивы».

Славянские фамилии возникали от личного прозвища или от имени — христианского или языческого. В случае Крапухина мы имеем дело с прозвищем, которое закрепилось как родовое имя, минуя крестильное. Это говорит о том, что прозвище было ярким и устойчивым: предок носителя фамилии, по всей видимости, был заметен в своей общине либо внешностью, либо нравом.