Фамилия Крапухины (в мужском роде — Крапухин) образована по одной из самых распространённых в славянском мире моделей: к основе прозвища или мирского имени прибавлялся суффикс принадлежности -ин, указывающий на родство: «чей?» — «Крапухин», то есть сын или потомок человека по прозвищу Крапуха. Такая словообразовательная схема типична для восточных, западных и южных славян, поэтому фамилия является самобытным памятником славянской культуры, хотя точное место её возникновения без генеалогических изысканий не определить.

Основа «Крапух-» восходит, скорее всего, к диалектному слову «крапуха» или «крап». В русских говорах «крап» — это мелкое пятно, крапинка, а также растение с пятнистыми листьями. Отсюда прозвище Крапуха могли дать человеку с веснушками или рябоватой кожей — по аналогии с тем, как называли людей с заметными приметами внешности. Менее вероятная, но допустимая версия связывает прозвище с глаголом «крапать» (моросить, капать редко) — в этом случае Крапухой могли прозвать неспешного, медлительного человека или же того, кто работал под дождём.

В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще носили крестьяне и духовенство, фамилии на -ин в основном закреплялись за теми, чьё прозвище оканчивалось на -а/-я. Это указывает на бытовое, а не книжное происхождение: Крапухины — потомки человека, которого в деревне знали по меткому уличному прозвищу. Фамилия не относится к дворянским или княжеским, а значит, её носители — выходцы из крестьянской или мещанской среды, что типично для большинства русских фамилий с таким суффиксом.

Именования, подобные Крапухиным, широко представлены в ономастике восточных, западных и южных славян, что говорит о древних корнях модели. Однако каждая отдельная фамилия могла формироваться в разное время и в разных регионах, поэтому окончательно говорить о точном времени и месте происхождения Крапухиных можно лишь на основании серьёзных генеалогических исследований. Передаваясь из поколения в поколение, эта фамилия хранит память о прозвище предка — будь то рябой крестьянин, неторопливый ремесленник или человек, живший в сырой местности.