Фамилия Карапухина — женская форма фамилии Карапухин. Её основа — прозвище или нецерковное имя Карапух. Здесь есть две основные версии происхождения, и первая заметно правдоподобнее.

Самое прямое объяснение — от слова «карапуз». В русских говорах «карапуз» означало не только маленького ребёнка, но и коротышку, плотного человека небольшого роста. Форма «Карапух» могла возникнуть как вариант с заменой конечного «з» на «х» — явление нередкое в народной речи (ср. «карапузик» и диалектное «карапух»). Тогда прозвище давали либо по внешности (полный, приземистый), либо, с иронией, взрослому человеку за детскую наивность или несерьёзность.

Вторая версия, более редкая, связывает фамилию с тюркскими корнями. В тюркских языках есть слова типа «кара» (чёрный) и «буха» (бык), но сложение их в «карапух» маловероятно для русской фамилии — скорее, это случайное созвучие. Прямых лингвистических подтверждений такой этимологии для фамилии Карапухиных нет.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Карапухин — сын Карапуха. Такая модель типична для северных и центральных областей России. Географически фамилия встречается рассеянно, без ярко выраженного гнезда, что характерно для прозвищных фамилий, возникших из бытовой характеристики человека.

Интересная деталь: при всей кажущейся простоте, фамилия Карапухина не попала в старые боярские и дворянские списки. Это фамилия крестьянская или мещанская — её носители, скорее всего, были людьми из простонародья, получившими прозвище от соседей или при переписи населения. В документах XVIII–XIX веков такие фамилии фиксировали как «Карапухин» без вариантов, что говорит об устойчивости написания.