Фамилия Красниенко построена по одной из самых продуктивных моделей украинской ономастики — с суффиксом -енко. Этот суффикс в XVI–XVIII веках означал «сын» или «потомок» и закрепился в основном на территории Левобережной и Слободской Украины, а также в южнорусских землях. Со временем -енко утратило буквальное значение родства и стало восприниматься как фамильный формант.

Основа фамилии — прилагательное «красный». В древнерусском языке это слово имело два основных значения: «красивый» (отсюда «красна девица») и «красный цвет». В украинском языке «красний» сохранило оба смысла, но чаще используется именно в значении «красивый, хороший». Поэтому Красниенко — это, скорее всего, «сын Красного», то есть сын человека, которого прозвали Красным за красоту, стать или добрый нрав.

Стоит учитывать, что в южнорусских говорах «красный» могло относиться и к человеку с румяным лицом или рыжеватыми волосами. Версия с цветом (как указание на внешность) менее вероятна, чем с красотой, но полностью исключать её нельзя: в прозвищах нередко закреплялась самая заметная черта.

Однокоренные фамилии — Красин, Краснов, Красиков, Красненко, Красовский — разошлись по разным регионам и социальным группам. Красниенко стоит в этом ряду как типично украинская форма, указывающая на происхождение из крестьянской или казацкой среды. В метрических книгах XVIII–XIX веков фамилия встречается в Полтавской, Черниговской и Харьковской губерниях, что подтверждает её привязку к территории бывшей Гетманщины.

В написании возможна вариативность: в старых документах встречается «Краснѣенко» (с ятем), а также «Краснеенко» (с двойной «е»), что отражает особенности местного произношения. Современная орфография закрепила вариант с «и» в корне, хотя в украинском языке фамилия пишется как «Краснієнко» — с «і» и «є».