Фамилия Крекотина — редкий случай, когда написание почти не оставляет сомнений: перед нами прозвище, перешедшее в фамилию, причём прозвище не из приятных. Основа — «крекотать», диалектный глагол, который в разных говорах означал «кашлять», «хрипеть», «кряхтеть» или «издавать гортанные звуки». Человек с таким прозвищем, скорее всего, имел характерный хриплый голос, постоянно кашлял или говорил с натугой. Иногда «крекотой» называли старую, больную лошадь или негодную вещь, но применительно к человеку первично именно звуковое прозвище.

Фамилия образована по стандартной модели: к основе «Крекот» (от «крекотать») добавлен суффикс -ин, указывающий на принадлежность: «чей?» — Крекотин, то есть сын или потомок Крекота. Форма женского рода Крекотина закрепилась в документах как неизменяемая, что типично для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин часто не склонялись у женщин. Географически фамилия встречается в основном в Тверской, Псковской и Новгородской областях — именно там фиксируется глагол «крекотать» в значении «кашлять».

В отличие от фамилий, образованных от крестильных имён (вроде Иванов), прозвище Крекота могло закрепиться за человеком иронично или как бытовая характеристика. Не исключено, что предок носителя фамилии был не просто «хрипуном», а, скажем, знахарем, лечившим кашель, — но это уже домысел. Надёжнее опираться на прямую связь с диалектным словом. В словаре Даля «крекотать» приведено именно с пометой «тверское, псковское», что точно указывает на ареал возникновения фамилии.

Однокоренных фамилий немного: Крекотень, Крекотьев, Крекоткин — все они восходят к той же звуковой основе. Вариант Крекотина выделяется тем, что суффикс -ин здесь не уменьшительный, а притяжательный, и фамилия не получила дополнительной переработки (как, например, Крекотнев от «крекотень»). Это позволяет предположить, что фамилия оформилась достаточно поздно, в XVIII–XIX веках, когда прозвища уже напрямую записывали в документы без промежуточных форм.