Фамилия Креницын — одна из тех, что образованы не от крестильного имени, а от прозвища. В её основе лежит древнерусское слово «креница» (или «криница»), которое в южных и западных говорах означало «родник», «источник», «колодец». Человек, получивший прозвище Креница, мог жить у такого родника или владеть им. Форма с «е» в корне (Креница, а не Криница) — результат северного или среднерусского произношения: в этих говорах «и» перед ударением часто переходило в «е».

Суффикс «-ын» в фамилии указывает на принадлежность. Креницын буквально значит «сын Креницы» или «из семьи Креницы». Это типичная модель для русских фамилий, образованных от прозвищ или мирских имён, оканчивающихся на «-а». В этом смысле Креницын стоит в одном ряду с фамилиями вроде Птицын (от Птица) или Синицын, хотя его основа гораздо реже.

Есть и другая, менее вероятная версия, которую иногда приводят в любительских словарях: связь с греческим словом «кринос» (лилия). Однако она не выдерживает критики. Фамилия явно славянская по словообразованию, и корень «крен-/крин-» в значении «родник» хорошо известен в русской топонимике — достаточно вспомнить реку Креницу или многочисленные урочища Криницы.

Географически фамилия Креницын тяготеет к северо-западу России. Встречается в старых писцовых книгах Новгородской и Псковской земель. В XIX веке носители фамилии фиксируются среди крестьян и мещан Олонецкой, Вологодской и Архангельской губерний. Это вполне объяснимо: в лесной и болотистой местности родник был заметным ориентиром, а прозвище, данное по нему, легко закреплялось за целым родом.

Что касается ударения, то в современном русском языке оно падает на первый слог — Крéницын. В старых говорах могло смещаться на второй, но литературная норма устоялась именно так.