Фамилия Крещенецкий — редкий случай, когда в основе лежит не имя, не профессия и не географическое название, а церковное таинство. Корень здесь — «крещ-», от слова «крещение». Суффикс «-ец» указывает на принадлежность к чему-либо или на происхождение откуда-либо, а финальное «-ский» — типичный для польской и южнорусской традиции фамильный формант, обозначающий «относящийся к». Вместе это даёт значение «тот, кто имеет отношение к крещению» или, что вероятнее, «выходец из Крещенца».

Сам топоним Крещенец (или Крещенцы) мог возникнуть как название села, где жили крещёные люди — например, обращённые в православие татары или язычники. В этом случае фамилия образована по модели «название села + -ский»: Крещенецкий буквально значит «из Крещенца». Такие фамилии давали дворянам, получившим поместье с таким именем, или крестьянам, переселившимся из одноимённой деревни.

Есть и другая версия: прозвище Крещенец могли дать человеку, который крестил других — местному священнику или миссионеру. Однако в русской ономастике прозвища от таинств редки, чаще встречаются от имён (Креститель, Крещеный). Поэтому топонимическая версия выглядит надёжнее: она объясняет и суффикс «-ец», и окончание «-ский», типичное для фамилий по месту жительства.

Фамилия явно не массовая. В дореволюционных справочниках она почти не встречается, что указывает на локальное бытование — скорее всего, на территории бывшего Великого княжества Литовского или Речи Посполитой (современные Беларусь, Украина, западные области России). Там фамилии на «-ский» были особенно распространены среди шляхты и мещан. Если предки Крещенецкого были дворянами, фамилия могла закрепиться за владельцами имения Крещенец; если крестьянами — её дали по названию деревни, откуда они вышли.

В словаре Бориса Унбегауна «Русские фамилии» упоминаний Крещенецкого нет — фамилия слишком редкая для обобщающих трудов. Но это не делает её «неправильной»: напротив, такие фамилии — живые свидетельства местной истории, часто связанные с конкретным селом или событием. Кем бы ни был первый Крещенецкий — священником, крещёным иноверцем или помещиком из Крещенца — его фамилия сохранила память о моменте, когда крещение стало не просто обрядом, а точкой отсчёта для целого рода.