Фамилия Крестниковский — один из тех случаев, когда у семейного имени может быть как минимум два равноценных объяснения, и оба ведут вглубь русской истории. Разберём их по порядку.

Первая и наиболее вероятная версия — географическая. Фамилия образована от названия населённого пункта с помощью типичного для польской и западнорусской традиции суффикса -ский (изначально указывавшего на принадлежность к местности или владение ею). Таким местом могло быть село Крестниково. В Симбирской губернии, на территории нынешней Ульяновской области, действительно существовало село с таким названием. В документах XVI века, с 1565–1567 годов, оно упоминается как Пустошь Кайлеп Малый, а в дореволюционных источниках — как Русский Кайлеп. Если предки Крестниковских происходили оттуда, фамилия просто отвечала на вопрос «откуда родом?» — и закреплялась за переселенцами или служилыми людьми, получившими землю в этих краях.

Вторая версия — прозвищная, и она не менее убедительна. В основе могло лежать слово «крестник» — так называли крещёного человека по отношению к его восприемникам (крёстным родителям), то есть «крестовое дитятко», сын или дочь по кресту. В народном быту прозвище Крестник часто закреплялось за сиротой, которого взяли на воспитание крёстные после смерти родителей. От этого прозвища сначала возникла фамилия Крестников (по модели «чей сын?» — Крестников), а уже от неё, с помощью суффикса -ский, образовалась более поздняя форма Крестниковский. Такой переход — от патронимической фамилии на -ов к фамилии на -ский — встречается в дворянских и священнических родах, стремившихся подчеркнуть своё особое положение.

Подтверждение тому, что корень «крестник» был в ходу уже в XVI веке, находим в «Ономастиконе» Степана Веселовского. Там записан Михаил Никитич Крестников (в старой записи — Хрестников), живший в 1518 году в Костроме. Это одно из самых ранних упоминаний однокоренной фамилии, и оно показывает, что прозвищная основа существовала задолго до того, как появились топонимы с тем же корнем.

Таким образом, Крестниковские могли вести род либо от крестьянина-сироты из Симбирской губернии, чьё прозвище закрепилось за потомками, либо от выходцев из села Крестниково. Оба пути — реальные сценарии для русской фамилии, и выбрать между ними без дополнительных генеалогических данных невозможно. Но в любом случае фамилия эта — не случайный набор звуков, а точный след, оставленный историей семьи.