Фамилия Крестниковы образована от прозвища Крестник. В старину крестником называли не просто того, кого крестили, а ребёнка, принятого от купели — то есть крестного сына или крестную дочь. Чаще всего прозвище закреплялось за сиротой, которого взяли на воспитание крёстные родители. В бытовой речи это слово могло означать «сын по кресту, по Господу», и такое прозвание легко становилось семейным.

Первое документальное упоминание фамилии относится к началу XVI века. В «Ономастиконе» Степана Веселовского записан Крестников (Хрестников) Михаил Никитич, 1518 год, Кострома. Эта запись — самая ранняя из известных, и она указывает, что фамилия бытовала уже в допетровской Руси среди служилых или посадских людей. Форма с начальным «Хрестников» не ошибка: до реформы орфографии написание «хрест» (от «Христос») было нормой, и фамилия могла писаться через «х» вплоть до XVIII века.

По словообразовательной модели фамилия относится к типичному патрониму на -ов: Крестник → Крестников, то есть «сын Крестника». Суффикс -ов указывает на принадлежность, и такие фамилии в русском языке — самые массовые. Редкость здесь не в суффиксе, а в основе: прозвище Крестник встречалось нечасто, поэтому и фамилия не получила широкого распространения, как, скажем, Ивановы или Кузнецовы.

Географически ранние носители зафиксированы в костромских землях. В XVII–XVIII веках Крестниковы встречаются в переписях центральных уездов России, но массовой миграции фамилии на юг или в Сибирь не прослеживается. Это позволяет предположить, что большинство современных Крестниковых — потомки одного или нескольких родов из Верхнего Поволжья.

Споров вокруг происхождения фамилии почти нет. Единственная альтернативная версия — связь с топонимом Крестники (такое название носит несколько небольших сёл и хуторов). Но она слабая: фамилия зафиксирована раньше, чем большинство этих поселений, и прозвищная версия подтверждается прямым значением слова.