Фамилия Крисахин — редкий пример, где основа отчётливо связана с крестильным именем, но через неочевидный суффиксальный ряд. В её основе лежит имя Криса — краткая форма от Крисанф (греческое «златоцветный»). В святцах это имя встречается редко, поэтому и производных от него в русском ономастиконе немного. Крисахин — это не прямой отчество на -ов, а форма на -ин, что указывает на принадлежность: «чей?» — Крисахин, то есть сын или потомок Крисахи.

Ключевая деталь — суффикс -ах-, который в русских фамилиях встречается нечасто. Он встал между корнем Крис- и фамильным -ин. Такая модель (основа + -ах- + -ин) характерна для диалектных, часто северных и рязанских говоров, где уменьшительные имена образовывали с помощью -аха: Крисаха, а от него — Крисахин. Сравните: Тимоха — Тимохин, Митроха — Митрохин, но с основой Криса- это более редкий вариант.

Географически фамилия тяготеет к центральным и южнорусским областям, особенно к Курской, Орловской и Тамбовской губерниям, где имя Крисанф было несколько более употребительным среди крестьян и мещан. Встречается и вариант Крисанхин, но он ещё реже — почти утерянная параллельная форма.

Менее вероятна, но возможна версия от прозвища Крисаха, связанного с диалектным глаголом «крисать» — в некоторых говорах так называли скрипеть, издавать резкий звук. Однако подавляющее большинство фамилий на -ахин образовано именно от имён, а не от прозвищ, поэтому версия с Крисанфом надёжнее.