Фамилия Кришнаитов — одна из тех, что сразу обращает на себя внимание необычной основой. Она явно образована от имени или прозвища Кришнаит, а тот, в свою очередь, восходит к имени индуистского божества Кришны. Однако прямой связи с религиозным культом здесь может и не быть: в русской среде фамилии на -итов часто давали по прозвищам, которые цеплялись к человеку за какую-то внешнюю или поведенческую черту. В данном случае прозвище могло возникнуть в среде старообрядцев или сектантов, где знание индийских мотивов было редкостью, или же, что правдоподобнее, в среде цыган, у которых имя Кришна встречается чаще.

Суффикс -итов — редкий и показательный. В русской ономастике он встречается в основном в фамилиях, образованных от личных имён или прозвищ на -ит, -ита (сравните: Маркита — Маркитов, Анисит — Аниситов). В случае с Кришнаитовым основа не славянская, а заимствованная, что делает фамилию исключительной по происхождению. Если бы фамилия была образована стандартно, она звучала бы как Кришнин или Кришнаев, но суффикс -итов указывает на иную модель: сначала появилось прозвище Кришнаит (человек, которого за что-то прозвали «Кришной» или «кришнаитом»), а уже от него — фамилия.

Географически фамилия Кришнаитов крайне редка и, судя по архивным и телефонным справочникам, встречается преимущественно на юге России, в Ростовской области и Краснодарском крае. Это косвенно подтверждает версию о цыганских корнях: цыганские фамилии нередко оканчиваются на -ов, -ев, -ин, а имена вроде Кришна, Шанкар, Раджа в цыганской среде не редкость. Второй, менее вероятный вариант — происхождение от калмыцкого или бурятского имени, но там суффикс -итов нехарактерен.

В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) эта фамилия не упоминается — она слишком редка и локальна. Однако её разбор показывает, как в русской традиции могли адаптировать чужие имена: не через прямой перевод, а через создание прозвища с последующей патронимической привязкой. Носитель фамилии Кришнаитов, скорее всего, потомок человека, которого в округе звали Кришнаитом — по имени, по внешности или по роду занятий, связанных с лошадьми или музыкой (типичные цыганские ремёсла).