Фамилия Крофун — редкая и нестандартная для русского ономастикона. Её происхождение неочевидно, и здесь сталкиваются две основные версии: иноязычная основа и искусственное происхождение.

Первое, что бросается в глаза — отсутствие типичных русских фамильных суффиксов (-ов, -ин, -ский). Окончание -ун характерно для украинских и белорусских фамилий (например, Кривун, Говорун), но основа Кроф- для славянских языков нетипична. Ближе всего она к немецкому корню «Kruf» (вариант «Krug» — кувшин, кружка) или к фамилии Krof, которая встречается в немецкоязычных регионах. Возможно, Крофун — это русифицированная форма немецкой фамилии Krof или Kroff, к которой добавили украинский патронимический суффикс -ун (в значении «сын Крофа» или «человек Крофа»). В таком случае предок мог быть переселенцем из немецких колоний в Российской империи, например, ремесленником-гончаром (от Krug — кружка) или иметь прозвище, связанное с внешностью (от «Kropf» — зоб, но это менее вероятно).

Вторая версия — искусственное происхождение. В XIX веке при выдаче паспортов или в семинарских списках фамилии могли искажать до неузнаваемости или создавать заново. Крофун могло возникнуть как случайная описка или как калька с греческого (например, от «крофос» — скрытый, тайный), но это лишь догадка без документальных подтверждений.

С точки зрения географии, фамилия встречается крайне редко, в основном на юге России и в Украине, что косвенно подтверждает связь с украинским суффиксом. Сословной привязки нет — носители могли быть как крестьянами, так и мещанами, но из-за редкости фамилии скорее всего это единичный род.

Главная загадка Крофуна — в его основе. Если это немецкий след, то предки были ремесленниками или торговцами. Если же это результат канцелярской ошибки или местного диалекта, то фамилия остаётся уникальным лингвистическим курьёзом, который не вписывается ни в один типовой шаблон.