Фамилия Крокун — один из тех случаев, где происхождение не лежит на поверхности, и угадать его с ходу сложно. Скорее всего, в её основе лежит не имя, а прозвище, и исследователям приходится выбирать между двумя основными версиями.

Первая гипотеза отсылает к ткацкому делу. Нарицательное «крока» в русских говорах означало «уток» — поперечную нить ткани, которая прокладывается вдоль основы. Человек, получивший прозвище Крокун, мог быть ткачом или мастером, чья работа была тесно связана с этим ремеслом. Вторая версия ведёт на запад, в белорусские земли. Там слово «крок» означает «шаг». Прозвище Крокун могли дать человеку с характерной походкой — например, широким или быстрым шагом, который бросался в глаза окружающим.

В пользу второй версии говорит и география фамилии. В документах первой половины XX века встречаются конкретные носители: Иван Тихонович Крокун (1914 года рождения) и Феодосий Михайлович Крокун (1899 года рождения), который происходил из деревни Заизерье Мотольской волости Дрогичинского уезда Полесского воеводства. Это территория современной Брестской области Беларуси, где как раз и бытовало слово «крок» в значении «шаг». Таким образом, белорусский корень выглядит более убедительным для этой конкретной ветви рода.

Суффикс -ун в фамилии Крокун — типичный для русских и белорусских прозвищ, образованных от глаголов или существительных. Он придаёт слову оттенок деятеля: шагун, бегун, говорун. В нашем случае Крокун — это «тот, кто шагает» или, если принять первую версию, «тот, кто работает с утком». Обе модели словообразования естественны для восточнославянских фамилий, так что спорить могут только исходные значения.

Однозначного ответа, какая из версий истинная, нет. Но если опираться на документальные свидетельства, фамилия Крокун уверенно привязывается к западнорусским и белорусским землям, а её основа — к характерной походке предка.