Фамилия Крокан — редкая и неочевидная, её происхождение не лежит на поверхности. Скорее всего, она не связана с русскими моделями на -ов/-ев или -ин, а образована напрямую от прозвища или имени, которое звучало как Крокан. В русской ономастике это нетипичная основа.

Первый и самый вероятный путь — отчество от прозвища Крокан. В южнорусских и украинских говорах «крокан» или «кроканка» могло означать нечто ломкое, хрупкое, либо относиться к человеку с хриплым, «крякающим» голосом (от звукоподражания «кря»). В словаре В. И. Даля есть глагол «крокать» — каркать, издавать резкий звук. Прозвище могли дать ворчливому старику или человеку с сиплым голосом. Менее вероятно, но возможно, что это вариант фамилии Крокин или Кроков, записанный на слух без суффикса — такое случалось при позднем оформлении фамилий у крестьян и мещан.

Вторая версия выводит фамилию из польского или белорусского языков. По-польски «krok» — шаг, и «krokan» могло быть прозвищем пешехода, скорохода или, наоборот, человека с тяжёлой походкой. В Беларуси и на западе России встречаются фамилии Крок, Кроков, и Крокан могла возникнуть как их производная с уменьшительным или пренебрежительным суффиксом -ан. Это даёт основание предполагать западное или юго-западное происхождение носителей.

География фамилии сегодня очень узкая. Крокан практически не встречается в центральной России; отдельные носители зафиксированы в Краснодарском крае, Ростовской области и на Украине. Это подтверждает связь с южнорусскими говорами и украинской средой. Сословно предки, скорее всего, были крестьянами или казаками — фамилия не выглядит дворянской или купеческой, она бытовая, прозвищная.

В написании фамилии нет вариаций — она пишется строго через «о» и с ударением, вероятно, на втором слоге: Крока́н. Спорных версий немного, и самая правдоподобная — звукоподражательное прозвище по голосу или характеру, закрепившееся в форме прямого отчества без суффикса.