Фамилия Крояан — редкий пример, когда в основе прозвища лежит не русское, а балканское географическое название. Скорее всего, её образовали от прозвища Кроя (или Крой), которое указывало на выходца из албанского города Кроя (Круя). Это древний город, столица одноимённого округа, известный тем, что там родился Джорджио Кастриоти Скандерберг — национальный герой Албании, возглавивший восстание против Османской империи в XV веке.

Название города восходит к албанскому корню krua — «источник, родник». Город действительно славился обилием свежей воды из горных ключей. Прозвище Крояан, таким образом, могло означать «человек из Крои» — типичная модель для фамилий, образованных от названия места рождения или жительства предка.

Интересна и сама форма фамилии. В русской традиции суффиксы -ан, -ян нередко встречаются в фамилиях, связанных с южнославянскими и балканскими корнями (сравните: Молдаван, Сербян). Здесь двойное «а» в окончании (Крояан) может быть результатом позднейшего написания или адаптации необычного звучания на письме. Поскольку фамилия очень редкая, точных данных о её сословной принадлежности или географии распространения в России нет — скорее всего, она осталась локальной или единичной.