Фамилия Крпенко — довольно редкий случай в русской ономастике. Её основа «Крп-» сразу бросается в глаза своей нехарактерностью для славянских языков, где сочетание трёх согласных в начале корня встречается нечасто. Это наводит на мысль, что перед нами не исконно русское, а, скорее всего, украинское или белорусское прозвище, которое затем закрепилось как фамилия.

Словообразовательная модель проста: суффикс -енко (уменьшительно-патронимический, характерный для восточной Украины и юга России) присоединён к основе «Крп». Сама основа, скорее всего, восходит к глаголу «крiпити» (укреплять, крепить) или прилагательному «крiпкий» (крепкий). В диалектах украинского языка слово «крiп» или «крiпкий» могло относиться к человеку крепкого телосложения, выносливому или упрямому. Таким образом, первым носителем фамилии мог быть человек, которого в округе прозвали «Крiп» — то есть крепыш, здоровяк, или же тот, кто отличался твёрдостью характера.

Версия о связи с растением укроп (укроп по-украински — «крiп») выглядит менее убедительной. Прозвища по растениям обычно образовывались от названий, которые легко произносились и не требовали переосмысления, а «Крпенко» — форма, явно производная от более короткого «Крiп». Скорее всего, в основе лежит именно качественная характеристика человека, а не ботаническая.

Географически фамилия Крпенко тяготеет к Полтавской, Черниговской и Сумской областям Украины, а также к приграничным регионам России (Белгородская, Курская области). В этих краях суффикс -енко был основным способом образования фамилий, и многие крестьянские роды получили свои фамилии именно так — по прозвищу отца. Социально это, скорее всего, фамилия казацкого или крестьянского происхождения, без дворянских корней. Встречается она редко, что делает её интересным объектом для локального генеалогического поиска.