Фамилия Круфтина — довольно редкая и неочевидная по происхождению. Её форма указывает на то, что перед нами, скорее всего, женский вариант фамилии Круфтин, образованный по модели «чей?» — Круфтина (жена или дочь Круфтина). Основной вопрос упирается в корень «круфт-», который не встречается в списке распространённых русских основ.

Самая вероятная версия связывает фамилию с немецким или голландским словом «Kruft» (или «Kruft» в значении «сила», «мощь», а также как вариант фамилии Круфт). В России такие фамилии часто появлялись у обрусевших немцев, голландцев или прибалтийских ремесленников, приглашённых в страну начиная с петровских времён. Исходная фамилия Круфт (Kruft) могла быть прозвищем сильного, крепкого человека или указывать на род занятий, связанный с обработкой металла (в некоторых диалектах «Kruft» — это «горн» или «кузница»). Русский суффикс -ин превратил немецкую основу в типичную русскую фамилию: Круфт → Круфтин → Круфтина.

Менее убедительная, но возможная версия — связь с диалектным глаголом «круфтать» (в некоторых говорах — «ворчать», «брюзжать»). Однако эта гипотеза слабая, так как глагол малораспространён и не даёт устойчивой модели для фамилии. Скорее всего, мы имеем дело с фамилией иноязычного корня, которая прижилась в России и получила славянское оформление. Носители фамилии Круфтина могут вести род от переселенцев из немецких княжеств или Прибалтики, осевших в центральных губерниях или на Волыни.