Фамилия Куфтина образована от прозвища Куфта. В основе лежит слово «куфта» или «куфтырь», которое в русских говорах имело несколько значений: свёрток кудели, узел с одеждой, а также моток тесёмок или шёлка. Это слово, вероятно, родственно «куфтерю» — так называли дорогую восточную, в частности турецкую, шёлковую ткань.

Скорее всего, прозвище Куфта относилось к «профессиональным» именованиям. Так могли назвать торговца тканями либо человека, который носил или шил одежду из дорогого шёлка. По другой версии, прозвище могло закрепиться за тем, кто ходил с большим узлом или мешком, — то есть за странником или торговцем вразнос.

Фамилия образована по стандартной модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: Куфтина — дочь или жена Куфты, а впоследствии и потомок человека по прозвищу Куфта. Такая модель характерна для северных и центральных областей России. Поскольку фамилия редкая, её географическое распространение, скорее всего, локально, и основная версия происхождения остаётся единственной правдоподобной: от прозвища, связанного с тканью или одеждой.