Фамилия Куфто — редкий случай, когда прозвище почти без изменений стало наследственным именем. В ней нет типичных для русских фамилий суффиксов -ов, -ин или -ский, а это значит, что её застали ещё до того, как фамилии начали массово «официализировать» в XIX веке. По происхождению это, скорее всего, прозвище, данное человеку по характерному признаку, и корень его — прилагательное «куфтый» или «куфтоватый», что в северных и центральных говорах означало «глуховатый», «туговатый на ухо». Человек с таким прозвищем мог плохо слышать или казаться невнимательным, отсюда и закрепилось.

Есть и вторая версия, менее распространённая, но лингвистически возможная. В белорусском и польском языках «kufta» — это кафтан, верхняя одежда. В таком случае прозвище Куфто могли дать портному, либо человеку, который постоянно носил какой-то особенный кафтан. Однако в русских говорах слово «куфта» встречается редко, и для центральной России более вероятно первое значение — «глуховатый». Спор решается просто: в переписных книгах XVII века фамилия Куфто встречается в основном на севере — в Вологодской и Архангельской губерниях, где глухой звук «ф» в диалектах был обычен, и где слово «куфтый» действительно фиксируется этнографами.

Социальный контекст тоже показателен. Фамилия без суффикса — признак того, что её носители были либо крестьянами, либо посадскими людьми, у которых фамилии часто застывали в виде чистого прозвища. Дворянские фамилии в массе своей получили оформление на -ов/-ев, а здесь мы видим архаичную модель, сохранившуюся в глухих деревнях. В современных справочниках фамилия Куфто остаётся редкой, её можно встретить в Беларуси, на Смоленщине и в Ленинградской области — то есть там, куда мигрировали северные крестьяне в XIX–XX веках.

Интересная деталь: в некоторых архивных записях XIX века фамилия писалась через «х» — «Кухто». Это не ошибка, а отражение местного произношения, где «ф» заменялось на «х» (как в словах «кохта» вместо «кофта»). Так что если ваш предок записан как Кухто — это та же фамилия, просто в диалектном варианте.