Фамилия Крукокин — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не профессия, а, скорее всего, прозвище, образованное от диалектного слова с неожиданной звуковой окраской. Разберём её по частям: корень «крук» и суффикс «-ок-» с последующим патронимическим окончанием «-ин».

Корень «крук» в русских говорах имеет два основных значения. Первое — это «крюк», загнутый конец, багор. Второе, более интересное, — диалектное название журавля (от звукоподражания «курлы»). В украинском и белорусском языках «крук» — это ворон. Однако для русской фамилии, особенно с суффиксом «-ок-», вероятнее связь с крюком или журавлём. Суффикс «-ок» в прозвищах часто придаёт уменьшительно-ласкательный или ироничный оттенок. Таким образом, «Крукок» — это человек, которого прозвали либо «маленьким крюком» (возможно, за цепкость, сутулость или профессию), либо «журавликом» (за длинные ноги или походку).

Модель образования типична для северных и центральных областей России: сначала из прозвища на «-ок» образовалась форма «Крукок», а затем от неё — фамилия «Крукокин» (сын Крукока). В отличие от более распространённых фамилий на «-ов» (Крюков), форма на «-ин» указывает на принадлежность к конкретному лицу, а не родовому тотему. Географически фамилия крайне редкая, её можно встретить в единичных записях в Вологодской, Костромской и Архангельской областях — как раз там, где сохранились старые говоры с архаичной лексикой.

С точки зрения социального контекста, предок Крукокин скорее всего был крестьянином или ремесленником, которого прозвали за внешность или повадку. Сравните с однокоренными фамилиями: Крюков (от «крюк» — инструмент или изогнутость) встречается в сотни раз чаще, а Крукокин — его диалектный, более редкий вариант, сохранивший звуковую форму исходного прозвища. Второй возможный, но менее убедительный вариант — от имени Крук, которое могло быть сокращением от крестильного имени Кир (Кирьяк) с диалектным озвончением, но это сложная цепочка, не подкреплённая распространённостью.