Фамилия Крунэ — редкая и нестандартная для русского слуха. В ней нет привычных суффиксов -ов, -ин или -ский, которые обычно превращают прозвище или имя в фамилию. Окончание на -э с ударением явно указывает на нерусское происхождение. Скорее всего, перед нами фамилия, пришедшая из немецкого или прибалтийского ареала, возможно, через еврейскую среду ашкеназов.

В основе лежит немецкое слово «Krone» — корона. В немецком языке фамилия Krone встречается и в такой форме, и с вариантами произношения. В русской передаче окончание могло редуцироваться или измениться под влиянием местных говоров, дав звучание «Крунэ». Если же смотреть на латышский или эстонский контекст, там похожие фамилии тоже восходят к «короне» или к названию населенного пункта (например, Крунэ — деревня в Латвии). В любом случае, прозвище «Корона» мог получить человек с заметной, «венценосной» внешностью, либо тот, кто жил в доме с вывеской «У короны» (трактир или постоялый двор), либо, реже, ремесленник, делавший короны или работавший при дворе.

Вторая, менее вероятная версия — происхождение от немецкого слова «grün» (зеленый) через диалектное произношение. В некоторых говорах «grün» могло звучать как «крун», особенно при адаптации через польский или литовский языки. Тогда фамилия могла означать «зеленый» — прозвище по цвету глаз, одежды или по связи с лесом.

Поскольку суффикса нет, фамилия могла закрепиться в форме чистого прозвища без русификации. Такое характерно для остзейских немцев, переселенцев из Прибалтики, а также для еврейских семей, получивших фамилии в XIX веке в Российской империи. В метрических книгах и списках XIX — начала XX века фамилия Крунэ встречается в западных губерниях, особенно в Лифляндской и Курляндской губерниях, а также среди еврейского населения черты оседлости.

Что касается сословной принадлежности, однозначного ответа нет. Среди носителей могли быть и мещане, и купцы, и ремесленники. В словаре Б. Унбегауна эта фамилия не упоминается — она за пределами типичного русского фамильного корпуса. Поэтому при поиске предков стоит смотреть в первую очередь немецкие, латышские и еврейские архивные источники, а не общероссийские переписи.