Фамилия Крупанова — женская форма от Крупанов, а та, в свою очередь, восходит к прозвищу Крупан. Слово «крупан» в старину было многозначным, и это открывает сразу несколько версий происхождения.

Самая прямая и правдоподобная — профессиональная. Крупаном могли называть торговца крупой или того, кто её изготавливал. Крупа была основой повседневного стола, и человек, связанный с её производством или продажей, получал «говорящее» прозвище по роду занятий. Реже, но тоже в рамках этого смысла, Крупаном могли прозвать мастера, делавшего крупеничку — особую кашу или обрядовое блюдо.

Вторая версия отсылает к внешности или телосложению. В русских говорах «крупом» называли круп лошади — самую широкую и сильную часть спины. Перенос на человека давал прозвище крепкому, широкоплечему, плотному мужчине. Такое именование закреплялось за ним как основное, а затем перешло в фамилию.

Суффикс -ов- указывает на типичную русскую модель образования — «чей?» — то есть сын или потомок Крупана. Фамилия недворянская, скорее всего, крестьянская или мещанская, распространённая в центральных и южных губерниях России, где слово «круп» и производные от него бытовали в живой речи. Встречаются однокоренные фамилии — Крупин, Крупенин, Крупников, — но Крупанов отличается именно основой на -ан, что придаёт прозвищу более конкретный, «личностный» оттенок.