Фамилия Крупан — редкая, но её происхождение почти наверняка связано с географией. В русском языке нет слова «крупан» в качестве самостоятельного нарицательного, зато есть однокоренные топонимы. В первую очередь это река Крупа в бассейна Днепра на Украине, а также несколько сёл с названием Крупы или Крупа в Беларуси и на западе России. Человек, живший на такой реке или в таком селе, мог получить прозвище Крупан — «житель с Крупы». Суффикс -ан в восточнославянских фамилиях нередко указывает на принадлежность к местности, как, например, у фамилий Полтаван, Рязанцев (через форму Рязань + -ан).

Вторая версия, менее вероятная, но допустимая — связь с диалектным словом «крупа» в значении «мелкий, дроблёный» или «крупинка». В этом случае Крупан могло быть прозвищем человека маленького роста или того, кто занимался переработкой зерна. Однако для прозвищ характерен суффикс -а, а не -ан: Крупа, Крупка. Форма с -ан скорее говорит о том, что перед нами не прозвище, а указание на место жительства.

Написание фамилии устойчивое, без вариантов Крупанов или Крупин — это дополнительный аргумент в пользу топонимической версии. Если бы фамилия образовалась от прозвища Крупа, она с высокой вероятностью получила бы суффикс -ов или -ин: Крупов, Крупин. А Крупан — это как раз пример редкой модели, когда в основе лежит название населённого пункта, а фамилия закрепилась без дополнительных окончаний.

Сословного барьера у фамилии не было: её могли носить и крестьяне, и мещане из тех регионов, где река Крупа или село Крупы были хорошо известны. В современных базах фамилия встречается в основном на западе России, в Беларуси и на Украине, что подтверждает её западное происхождение.