Фамилия Крупатин образована по древней и распространённой у всех славян модели: к основе прозвища или мирского имени прибавлялся суффикс принадлежности -ин (указывает на «сына такого-то» или «человека из семьи такого-то»). В основе фамилии лежит слово «крупата» или «крупатый». В русских говорах «крупатый» означало не просто «похожий на крупу», а имело конкретный смысл: «рябой, щедровитый» (лицо в мелких следах оспы). Прозвище Крупатой давали человеку с заметными следами на коже — по аналогии с россыпью крупинок. Так же, как прозвище Рябой могло стать фамилией Рябинин, так и Крупатой превратилось в Крупатин.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с ремеслом. В некоторых диалектах «крупатником» называли торговца крупой или того, кто занимался её обдиркой. Однако суффикс -атин (а не -ников или -щиков) говорит скорее о прозвищном происхождении, чем о профессиональном. Фамилии на -атин в русской среде редки и почти всегда восходят к личной характеристике: вспомним Губатый → Губатин, Носатый → Носатин.

Географически фамилия Крупатин встречается в основном в центральных и северных областях России — в бывших Вологодской, Костромской, Вятской губерниях. Там слово «крупатый» было в ходу, в то время как на юге и западе предпочли бы другой корень. В польской и украинской ономастике есть похожие фамилии — Крупа, Крупинский, — но Крупатин остаётся именно русским вариантом, привязанным к местной лексике.

Таким образом, предок носителя фамилии Крупатин — это не обязательно крупяной торговец, а скорее человек с характерной внешностью, которого за глаза называли Крупатой. В быту это прозвище закрепилось за его детьми и внуками, а к XVII–XVIII векам, когда фамилии стали наследственными, превратилось в Крупатиных.