Фамилия Крупаткин — не самая частая, но её происхождение прослеживается довольно ясно. В основе лежит слово «крупатка». Так в старых русских говорах называли мелкую крупу, чаще всего ячневую или гречневую, а также кашу из неё. Соответственно, прозвище Крупатка могли дать либо тому, кто торговал крупой, либо человеку, который её любил, либо — по характерной примете — рябому, с лицом, словно усыпанным крупой.

Модель образования фамилии проста: к основе Крупатк- прибавили патронимический суффикс -ин. Форма Крупаткин значит «сын Крупатки». Суффикс -ин в русских фамилиях присоединялся к основам на -а/-я, что как раз наш случай. Это указывает на то, что фамилия сложилась в среде, где прозвища на -ка были обычны — то есть в крестьянской или мещанской среде центральной и северной России.

Любопытна родственная цепочка. Крупаткин стоит в одном ряду с фамилиями Крупенин, Крупинин, Крупа, Крупин. Но суффикс -атк- в основе встречается реже, чем просто -ин или -ов. Он придаёт прозвищу уменьшительно-ласкательный или уничижительный оттенок, в зависимости от контекста: Крупатка — это не просто крупа, а «крупка», «крупиночка». Такая форма могла закрепиться за человеком невысокого роста или щуплого телосложения — как бы «мелкого, как крупинка».

В письменных источниках фамилия фиксируется с XIX века, преимущественно в южных и центральных губерниях России — Тульской, Орловской, Рязанской. Встречается она и у старообрядцев, что неудивительно: прозвища, связанные с едой и хозяйством, были распространены во всех сословиях, но особенно — среди крестьян и посадских людей. Дворянских родов Крупаткиных не известно: фамилия осталась в народной среде.

Если ваш предок носил фамилию Крупаткин, скорее всего, он был крестьянином или мещанином, а его прозвище — простым и бытовым, без претензий. Никакой тайны тут нет, но есть точная привязка к русскому быту и языку.