Фамилия Крупинич образована по патронимической модели с суффиксом -ич. Это один из древнейших славянских суффиксов, указывающий на происхождение: «сын такого-то». В белорусской и, реже, в западнорусской ономастике фамилии на -ич были особенно распространены среди крестьян и мещан, тогда как в великорусских землях их чаще вытесняли формы на -ов и -ин.

В основе фамилии лежит прозвище Крупиня. Его источник — либо слово «крупа», либо глагол «крупенить» (перемалывать в крупу, перетирать в сыпучий вид). Прозвище могло относиться к профессиональным именованиям. Так могли назвать мельника, занимавшегося изготовлением крупы, или того, кто торговал ею. Менее вероятно, но возможно, что прозвище закрепилось за человеком, который готовил крупеничку — старинное русское блюдо из крупы (чаще гречневой) с творогом и яйцом.

Слово «крупа» в древнерусском языке имело более широкий смысл — не только очищенное зерно, но и любое сыпучее вещество, мелкие частицы. Поэтому не исключено, что прозвище Крупиня могло быть дано человеку за внешность или характер: мелкий, дробный, рассыпчатый, или, наоборот, за придирчивость и склонность «перетирать» всё в мелочах.

Встречаемость фамилии Крупинич географически тяготеет к северо-западу России и Беларуси, что подтверждает её происхождение от белорусской или псковской модели фамилеобразования. В отличие от более частых однокоренных фамилий (Крупин, Крупов, Крупенин), вариант с суффиксом -ич сохранил прямую связь с отчеством, то есть напрямую указывает на имя конкретного предка — Крупини.