Фамилия Крупинин — типичный пример русской фамилии, образованной через суффикс -ин. Эта модель указывает на принадлежность: Крупинин означает «сын Крупини» или «человек из рода Крупини». Исходное прозвище Крупиня, от которого всё пошло, напрямую связано со словом «крупа».

Здесь открывается простор для двух совершенно разных толкований. Первое — бытовое и ироничное. Крупиней в народе могли дразнить солдата, особенно отставного. Второе значение — ласкательное, почти детское. «Крупиня» звучало как аналог современного «кроха» или «малыш». Парадокс в том, что такое прозвище с равной вероятностью могло закрепиться за человеком крепкого, плотного телосложения (как зерно, полное силы), так и за тем, кто, напротив, был тщедушен или имел заметные увечья. Прозвища часто строились на контрасте или внешней примете.

Суффикс -ин в фамилии Крупинин — один из самых распространённых в северных и центральных областях России. Он конкурирует с суффиксом -ов, но в данном случае выбор -ин диктует основа: слова на -а и -я в русском языке традиционно образуют фамилии именно через -ин. Поэтому Крупинин, а не Крупинов.

Однокоренных фамилий немало: Крупин, Крупенин, Крупеня. Но Крупинин стоит особняком — редкий суффикс -ин при основе на -я делает её более архаичной по звучанию. В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) модель на -ин от прозвищ на -я описывается как характерная для XVI–XVII веков, когда активно шло закрепление фамилий за крестьянскими и посадскими родами.

Сословная принадлежность первых Крупининых, скорее всего, была крестьянской или мещанской. Дворянских родов с такой фамилией в исторических источниках не зафиксировано. Это фамилия, которая родилась не в канцелярии, а в деревенском обиходе, где прозвище Крупиня — насмешливое или ласковое — приросло к человеку и перешло к его детям.