Фамилия Крупинов — редкий случай, когда прозвище могло относиться и к внешности, и к характеру, и к профессии. В её основе лежит слово «крупина» — мелкая частица, зёрнышко, крошка. В русских говорах так называли не только крупинку каши, но и невысокого, щуплого человека: «крупина» — малорослый, худощавый. В переносном смысле прозвище могло закрепиться за педантичным, дотошным человеком, который буквально «по крупицам» всё собирает и считает.

Вероятнее всего, фамилия образована по стандартной модели: от прозвища Крупина (или Крупин) с помощью притяжательного суффикса -ов. Суффикс -ин здесь не появился, потому что основа заканчивается на твёрдый согласный. То есть Крупинов — буквально «сын Крупина». Встречается и вариант Крупин, но Крупинов — более поздняя, патронимическая форма, характерная для тех регионов, где фамилии на -ов вытесняли более древние на -ин.

В ономастике фамилия Крупинов обычно не попадает в сводки по боярским или дворянским родам. Это скорее крестьянская или мещанская фамилия, распространённая в центральных и северных губерниях России. Встречается в Вологодской, Костромской, Ярославской областях — там, где были сильны традиции прозвищ по внешним признакам. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» подобные модели описаны как типичные для «простых» прозвищ, не связанных с церковными именами.

Можно предположить и ремесленную версию: в некоторых диалектах «крупина» — это торговец крупой или человек, который занимался её очисткой и переработкой. Тогда Крупинов — потомок крупяника. Но эта версия менее вероятна, потому что для обозначения профессии чаще использовали суффикс -ник (Крупяников). В пользу прозвища говорит и то, что фамилия не имеет «профессионального» суффикса, а прямо указывает на личное качество.

Таким образом, предки Крупиновых — это, скорее всего, невысокие, худощавые люди, которых в деревне прозвали Крупиной за их «мелкую» стать, или же дотошные хозяева, привыкшие считать каждую крупицу.