Фамилия Крупин входит в обширную группу русских фамилий, образованных от названий продуктов и блюд. Её основа — слово «крупа». В старину прозвище Крупа могли дать по-разному. Самое прямое объяснение — род занятий: торговец крупой или человек, который её изготавливал, например, делал крупеничку (кашу из толчёной крупы). Но было и переносное значение: «крупа» на Руси часто означала что-то мелкое, дроблёное. Отсюда прозвище мог получить человек низкого роста или, как говорили, «недоросль» — совсем ещё молодой, «крошка».

Фамилия строится по простой и продуктивной модели: к основе на -а добавляется притяжательный суффикс -ин. Крупин буквально означает «сын Крупы» или «человек из рода Крупы». Такая модель — одна из древнейших в русской антропонимии, она характерна для фамилий, возникших в крестьянской и посадской среде центральной России.

Интересная деталь: фамилия Крупин имеет однокоренные соответствия, которые разошлись по разным суффиксам — Крупов, Крупенин. Но Крупин — самая частая форма, поскольку суффикс -ин активнее работал с основами на -а. Географически фамилия встречается повсеместно, но заметно чаще в Вятской, Костромской и Пермской губерниях — районах, где традиционно сеяли гречиху и полбу.

Ударение в фамилии, как правило, падает на первый слог — Кру́пин, что соответствует ударению в исходном слове «кру́па». В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» эта модель не выделяется отдельно, но укладывается в общий ряд «пищевых» фамилий, где прозвище давалось либо по продукту, либо по внешности. Споров о происхождении тут нет: обе версии — ремесленная и описательная — правдоподобны и могли сосуществовать, а выбрать одну без знания конкретной семейной истории невозможно.