Фамилия Крупинин (а также её вариант Крупинины) строится по стандартной русской модели: в основе лежит прозвище Крупиня, к которому добавился притяжательный суффикс -ин, обозначающий «чей?» — то есть сын или потомок Крупини. В русских фамилиях суффикс -ин обычно присоединялся к основам на -а или -я, что и подтверждает наша фамилия.

Теперь о самом прозвище. Слово «крупа» дало не одну, а сразу несколько возможных значений для Крупини. Самое прямое — связь с крупой как продуктом. Но в народной речи «крупиней» нередко с насмешкой называли солдата, особенно отставного. Эта деталь важна: прозвище могло закрепиться за человеком, который вернулся со службы, и его быт или внешность ассоциировались с «казённой крупой» — простым солдатским пайком.

Вторая, более интересная версия отсылает к значению «кроха», «малыш». В этом случае Крупиней могли ласково прозвать маленького ребёнка. Но, в отличие от современного «кроха», такое прозвище не обязательно указывало на хрупкость. В диалектах «крупиня» могло означать и человека сильного, крепкого, широкоплечего — то есть «крупного» по сложению. Получается смысловая вилка: прозвище могло достаться как невысокому или болезненному человеку, так и, наоборот, коренастому здоровяку.

Однокоренные фамилии — Крупин, Крупинский, Крупенин — различаются суффиксами, что указывает на разные географические ареалы. Вариант Крупинин с двойным -ин- встречается реже и может указывать на более позднее оформление фамилии или на то, что прозвище звучало именно как Крупиня, а не Крупа.

Точное место и время возникновения фамилии Крупинин установить сложно. Процесс закрепления фамилий на Руси шёл несколько столетий, и такие прозвища, как Крупиня, могли возникнуть в разных регионах независимо друг от друга.