Фамилия Крупин — одна из тех, что образованы от прозвища, а не от крестильного имени. Её основа — слово «крупа». В старину так могли назвать человека по роду занятий: торговца крупой или того, кто её изготавливал, например, делал крупеничку (кашу из цельных зёрен). Но у прозвища есть и другая, бытовая версия: «крупой» в переносном смысле называли человека маленького роста, недоросля или «крошку» — то есть прозвище давали по внешнему признаку, а не по профессии.

Фамилия построена по типичной русской модели: к основе на -а добавляется суффикс принадлежности -ин. Крупин буквально означает «сын Крупы» или «из семьи Крупы». Такая модель особенно характерна для северных и центральных областей России, где прозвищные фамилии на -ин встречаются чаще, чем на -ов. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» указывается, что фамилии от названий продуктов и товаров — распространённый пласт русской ономастики, и Крупин входит в эту группу наряду с Мукиным, Толоконниковым, Солониным.

Интересно, что фамилия не имеет варианта с суффиксом -ов (Крупов), хотя это было бы логично для южнорусских говоров. Появление именно формы Крупин говорит о том, что прозвище Крупа было широко распространено в тех регионах, где преобладала «ивановская» модель фамилий. Говорить о точном месте и времени возникновения фамилии сложно — процесс шёл веками, но ясно одно: перед нами не книжная, а живая, народная фамилия, которая закрепилась за конкретным родом и сохранила память о прозвище предка.