Фамилия Крупченко образована по распространённой восточнославянской модели с суффиксом -енко, который в украинской, белорусской и южнорусской традиции означал «сын» или «потомок». То есть Крупченко — буквально «сын человека по прозвищу Крупич». Такие фамилии закреплялись за детьми, когда отца знали в округе именно под прозвищем, а не по крестильному имени.

Само прозвище Крупич неоднозначно. Самая прямая версия — профессиональная: Крупичем могли называть того, кто производил или продавал крупу. В старом русском быту крупяной промысел был делом заметным — мельник, торговец на базаре или человек, растиравший зерно в ступе. Однако есть и другая бытовая версия: Крупичем могли прозвать мастера, который делал крупеничку — куклу-оберег, наполненную крупой, или специальную посуду для её хранения.

Менее очевидный, но возможный вариант связан со словом «круп» — так называют верхнюю часть спины лошади от холки до поясницы. В переносном смысле прозвище Крупич могло достаться человеку широкоплечему, плотному, крепкому — по аналогии с мощной лошадиной статью. Это типичный для народной ономастики случай, когда внешний признак или физическая особенность становились основой для прозвища.

В отличие от фамилий на -ов/-ев или -ин, модель на -енко жёстко привязана к отчеству: Крупченко — это не просто «крупяной», а именно «сын Крупича». Со временем прозвище отца вытеснило родовое имя, и в официальных документах закрепилось именно такое обозначение рода. Фамилия распространена в центральных и южных областях России, а также на востоке Украины — в зоне, где суффикс -енко был основным способом образования наследственных имён.