Фамилия Крупченков — одна из тех, где суффикс говорит о происхождении больше, чем корень. Перед нами модель на -енков, характерная для южнорусских и, особенно, украинских земель. В центральной России чаще встречались фамилии на -ов (Крупченков превратился бы в Крупченков), а вот суффикс -енко (в русской адаптации -енков) указывает на «малороссийские» корни, откуда фамилия позже распространилась на север и восток. По сути, Крупченков — это обрусевшая форма украинской фамилии Крупченко.

Основа фамилии — прозвище Крупченко, которое, в свою очередь, образовано от слова «крупчатый» или «крупка». Самый прямой смысл — «сын крупчатника», то есть человека, занятого изготовлением крупы на крупорушке. В XIX веке «крупчатником» называли владельца или работника мельницы, где дробили зерно на крупу. Такие ремёсла были особенно распространены на юге, в чернозёмных губерниях, где сеяли много гречихи и проса.

Есть и вторая, менее очевидная версия. В некоторых говорах «крупкой» или «крупчатым» называли человека с рябым лицом, покрытым крупными оспинами. Прозвище Крупченко могли дать по внешнему признаку, и тогда фамилия — не ремесленная, а описательная. Оба варианта правдоподобны, но ремесленный выглядит убедительнее: прозвищ по профессии в крестьянской среде было больше, чем по дефектам внешности.

Сравните с однокоренными фамилиями: Крупченков соседствует с Крупниковым (от «крупник» — торговец крупой), Крупиным (от «крупа») и Крупчатниковым (прямой аналог). Разница в суффиксе — Крупчатников образован напрямую от существительного, а Крупченков — от патронимического прозвища, что подчёркивает «сыновью» связь: Крупченков — сын Крупченка. Географически фамилия чаще всего встречается в Курской, Белгородской, Воронежской областях и на востоке Украины — там, где мельничное дело было основой хозяйства.

Сословно Крупченковы, скорее всего, были государственными или помещичьими крестьянами, реже — казаками. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.