Фамилия Крупенко — типичный пример украинской модели образования фамилий на -енко. Этот суффикс, буквально означающий «маленький» или «сын», в XVI–XVII веках стал главным способом превратить прозвище в наследственное имя в Поднепровье, Слобожанщине и на юге России. Крупенко — это не «сын Крупы», а скорее «потомок того, кого прозвали Крупой».

Основа фамилии — прозвище Крупа. Тут возможны два смысловых вектора, и оба имеют под собой бытовую почву.

Первый, самый очевидный, — профессиональный. Крупой могли назвать крестьянина, который сеял и убирал хлеб, мельника, перетиравшего зерно, или торговца, возившего крупу на базар. Но есть и более узкая специальность: на Руси существовало блюдо — крупеничка (каша, запечённая с яйцом и маслом, иногда с добавлением творога или мака). Тот, кто готовил крупеничку на продажу или славился её мастерским приготовлением, тоже мог получить прозвище Крупа.

Второй вектор — внешность или возраст. В диалектах «крупой» называли не только зерно, но и крошку, малютку — человека маленького роста или совсем юного, незрелого. Прозвище могло закрепиться за невысоким парнем или младшим сыном в семье, которого в шутку дразнили «крупой», то есть крохой.

Со временем прозвище Крупа закрепилось за родом, а суффикс -енко оформил его в фамилию. В документах XVIII–XIX веков Крупенко встречается преимущественно на территории Полтавской, Черниговской и Харьковской губерний — в тех краях, где суффикс -енко был практически универсальным маркером фамилии.

Интересная деталь: в русских говорах фамилия могла писаться и как Крупёнко (с буквой ё), но в официальных метриках XIX века чаще фиксировали вариант через е — Крупенко. Ударение в такой фамилии обычно падает на второй слог: Крупе́нко.

Однокоренные фамилии — Крупин, Крупников, Крупский — образованы по другим моделям (на -ин, -ник, -ский) и указывают на разные регионы и сословия. Крупенко же прочно стоит в ряду украинских фамилий, где основа — бытовое прозвище, а суффикс — родовой знак.