Фамилия Крупчин — нечастый случай, когда суффикс -ин указывает не на отчество от имени, а на прозвище, связанное с профессией или внешностью. Основа здесь — «крупч(а)», то есть человек, имеющий отношение к крупе или крупец (мелкое зерно). В старых говорах «крупча» могли называть торговца крупой, мельника, который дробил зерно, или просто человека, занимавшегося очисткой и переработкой крупы. В отличие от фамилий Крупцов или Крупников, где суффикс -ов/-ев и -ник указывают на прямую профессию (сын крупца, работник по крупе), Крупчин может восходить к прозвищу Крупча — так могли прозвать за мелкое телосложение, щуплость или, наоборот, за пристрастие к каше.

Слово «крупча» в русских диалектах имело и переносное значение: «крупчатый» — рассыпчатый, состоящий из крупинок. Возможно, прозвище давали человеку с рябым лицом или с особой манерой речи — отрывистой, «крупчатой». Однако основная версия всё же бытовая: предок носителя фамилии был связан с обработкой зерна. В пользу этого говорит и географическая привязка: фамилия Крупчин встречается в основном в центральных и южных губерниях России, где было развито мукомольное дело.

Словообразовательная модель проста: прозвище на -а (Крупча) + притяжательный суффикс -ин, означающий «чей?» — «сын Крупчи» или «принадлежащий Крупче». Фамилия недворянская, скорее всего, крестьянская или мещанская, поскольку -ин в русских фамилиях чаще всего закреплялся за простыми сословиями. В отличие от фамилий на -ский, которые часто получали священники и шляхта, Крупчин — типичная «мирская» фамилия, образованная от бытового прозвища.

Если искать однокоренные варианты, то Крупчин стоит в одном ряду с Крупкиным, Крупяным, Крупениным. Но Крупчин выделяется тем, что его основа не напрямую от слова «крупа», а от его диалектной или уменьшительной формы. Это делает фамилию более локальной и редкой — не «крупный» или «крупный человек», а именно «крупча», то есть связанный с мелким, дроблёным.