Фамилия Кряукин — один из тех случаев, когда за основу взято не имя и не профессия, а звук. В её основе лежит глагол «кряукать» — подражание крику лягушки или, в некоторых говорах, хриплому, надсадному голосу. Прозвище Кряука мог получить человек с сиплым, «квакающим» голосом или тот, кто по роду занятий часто бывал у воды, на болотистых местах, где лягушек слышно постоянно. В русских говорах слово «крякать» также применяли к уткам, но для человека чаще использовали именно «кряукать» — с оттенком недовольства или ворчливости.

Фамилия образована по типичной восточнославянской модели: к основе «Кряук-» добавили суффикс принадлежности «-ин», который указывает на «сына Кряуки» или «человека из семьи Кряуки». Это одна из самых распространённых моделей в северных и центральных областях России. Суффикс «-ин» здесь стоит в безударном положении, поэтому на письме фамилия не меняется, хотя в бытовой речи могла произноситься как «Кряу́кин» с ударением на второй слог, что и закрепилось в литературной норме.

Редкость фамилии объясняется не столько уникальностью прозвища, сколько его локальностью. Встречается она преимущественно в Поволжье и на Урале — в Пермском крае, Кировской области, Удмуртии. В этих местах «кряукать» в значении «ворчать, брюзжать» было вполне употребительным словом. Так что предок носителя фамилии, скорее всего, был человеком незлобивым, но с характером — тем, кого в деревне называли «ворчун» или «брюзга», но без злого оттенка.

В ономастических справочниках фамилия Кряукин не упоминается в числе древних дворянских родов. Это крестьянская фамилия, возникшая не ранее XVII века, когда прозвища начали массово переходить в наследственные фамилии у непривилегированных сословий. Её однофамильцы по корню — Кряков, Крячков, Крякин — имеют ту же звукоподражательную природу, но с разными суффиксами. Кряукин стоит особняком: в ней сохранилась более архаичная, диалектная форма глагола, что делает фамилию ценной для лингвистов как свидетельство живой народной речи.