Фамилия Крыпаева — женская форма, а её основа, мужская фамилия Крыпаев, образована от прозвища Крыпай. В центре внимания здесь не столько корень, сколько редкий суффикс -ай, который в русских прозвищах указывал на человека, склонного к какому-либо действию или обладающего яркой чертой (ср. Ломай, Стреляй, Каравай). Носитель такого прозвища был, скорее всего, заметным, деятельным или неугомонным человеком.

Происхождение корня «крып» неочевидно и даёт две основные версии. Первая связывает его с диалектным глаголом «крыпать» — в некоторых говорах это означало «скрипеть», «хрустеть» или «издавать резкий звук». Прозвище Крыпай мог получить человек со скрипучим голосом, тот, кто неровно ходит (скрипит половицами), или даже мастер, работающий с неструганым деревом. Вторая версия отсылает к слову «крыпа» — так в ряде областей называли неказистый, хилый кустарник или корягу. Тогда прозвище носило бытовой, ироничный характер: так могли назвать сутулого, невысокого или невзрачного человека.

Модель фамилии — типичная для восточнославянского ареала: основа на -ай дала суффикс -ев, а не -ов, по правилу смягчения основы. Фамилия Крыпаев встречается редко, её очаги чаще всего фиксируются в центральных и южнорусских регионах, где диалектная лексика лучше сохранялась. Суффикс -ай в фамилиях почти не продуктивен в книжной традиции, поэтому Крыпаев — яркий пример прозвища, возникшего в живой народной среде, а не в канцелярии. Сословно фамилия могла принадлежать крестьянам или посадским людям — дворянские роды с таким окончанием почти не встречаются.

Других версий, например, от тюркских или финно-угорских корней, нет: звуковой облик и словообразовательная модель указывают на чисто русскую, диалектную основу.