Фамилия Крышняя — редкий случай, когда географическая привязка оказывается важнее морфологического разбора. На слух она звучит как типичная русская фамилия с окончанием -яя, характерным для прилагательных женского рода (типа «Кузнецкая», «Лесная»). Однако в мужском варианте она выглядит как Крышний, и именно эта форма и закрепилась в документах. Но если копнуть глубже, выясняется, что происхождение фамилии почти наверняка украинское или южнорусское.

Основа «крыш-» напрямую связана с украинским словом «кришня» — так называют крышу, кровлю, а также навес или укрытие. В старых говорах «кришня» могла означать и «покрытие», «защиту». Соответственно, фамилия Крышняя (в исходном украинском написании — Кришня) образована от прозвища человека, который имел отношение к строительству крыш — кровельщика, плотника или просто хозяина, чей дом был приметен своей высокой или необычной крышей. Суффикс -н- в основе — типичный для украинских фамилий, образованных от существительных женского рода (ср. «вишня» — Вишня, «груша» — Груша).

С географической точки зрения фамилия Крышняя (Кришня) встречается прежде всего в Черниговской, Полтавской и Сумской областях Украины, а также в прилегающих районах России — в Брянской, Курской и Белгородской областях. Это объясняется исторической миграцией украинского крестьянства в XVIII–XIX веках. В документах переписей и ревизских сказок эта фамилия почти не фиксируется в центральных и северных губерниях России, что подтверждает её локальный, южный характер.

С точки зрения словообразования, фамилия Крышняя — это пример «патронимической» или «прозвищной» модели, где прозвище, данное по занятию, перешло в фамилию без дополнительных суффиксов (в отличие от типичных русских Крышников или Крышечкин). Окончание -яя в русском написании — это результат адаптации украинской формы к правилам русской грамматики: фамилия стала склоняться как прилагательное (Крышнего, Крышнему), хотя изначально могла быть несклоняемой.

Версия о связи с личным именем Крыш (гипотетическим сокращением от Крыштан — Христиан) маловероятна и не подкреплена источниками. Основное значение фамилии — профессиональное, и носитель её, скорее всего, потомок мастера-кровельщика или человека, жившего под приметной крышей. Сейчас фамилия остаётся редкой, но её носители есть в России и Украине.