Фамилия Крышко — один из ярких примеров украинской модели фамилий на -ко, которая в XVII–XVIII веках была особенно распространена на Левобережной и Правобережной Украине и в южных областях России. Суффикс -ко (в русской передаче часто сохраняющийся без изменений) в украинской ономастике выполнял уменьшительную, а часто и патронимическую функцию: он указывал на «сына такого-то» или на человека, связанного с носителем основы. В основе фамилии Крышко лежит прозвище Крыш, которое, скорее всего, происходит от украинского слова «криш» — «крошка», «мелкая частица», или от глагола «кришити» — «крошить, размельчать». Прозвище могли дать человеку невысокого роста, хрупкого телосложения, либо тому, кто занимался мелкой работой, например, толок соль или зерно.

Менее вероятна, но не исключена связь с польским словом «kryszka» (капля, крупица) или с диалектным «крыш» в значении «крыша» — в этом случае прозвище могло относиться к кровельщику. Однако фонетически украинская основа выглядит убедительнее: в говорах слово «криш» зафиксировано как обозначение крошки, мелкого кусочка, что хорошо ложится на модель прозвищ по внешности или роду занятий.

Географически фамилия Крышко наиболее плотно представлена в Полтавской, Черниговской и Харьковской областях, а также в соседних районах России, куда шла миграция украинских крестьян и казаков. В реестрах Войска Запорожского и в исповедных росписях XVIII века встречаются однофамильцы с таким написанием, что подтверждает её давнее бытование в казачьей среде.

В отличие от фамилий на -ов/-ев, Крышко не меняла окончания в зависимости от пола и склонялась по образцу существительных мужского рода. Это типичная черта украинских фамилий, которые при переходе в русскую документацию часто сохраняли исходную форму. Если сравнивать с однокоренными вариантами — Крышин, Крышев, Крышнюк, — то Крышко стоит особняком именно благодаря уменьшительно-патронимическому суффиксу, который в украинской традиции мог закрепляться и за прозвищами без прямого указания на отца.

Таким образом, предки современного носителя фамилии Крышко — скорее всего, украинские крестьяне или казаки, получившие прозвище по внешнему признаку (мелкий, дробный) или по занятию (толчение, крошение). Фамилия недворянская, народная, и её история уходит в бытовую лексику сельской Украины XVIII века.