Фамилия Кржижановская — классический пример польской топонимической фамилии. Её основа — не имя и не прозвище, а название места: сёл Кржижанов, Кржижаново или Кржижановичи, которые встречаются в разных воеводствах Польши. Все эти топонимы восходят к польскому слову krzyż — «крест». Когда-то так называли поселения, основанные у придорожного креста, на перекрёстке дорог или рядом с костёлом, освящённым в честь Креста.

Человек, переселившийся из одного из этих мест, получал прозвание Кржижановский — «тот, кто из Кржижанова». Форма на -ский в польской традиции была дворянской или шляхетской: она указывала на владение землёй или на принадлежность к благородному сословию. Однако со временем такие фамилии распространились и среди крестьян, особенно после разделов Речи Посполитой. Женская форма Кржижановская закрепилась за дочерьми и жёнами носителя мужского варианта.

В документах встречаются разные ветви рода. Например, Александр Александрович Кржижановский родился в 1893 году на прииске Ильинском в Мотыгинском районе Красноярского края — это говорит о том, что носители фамилии уходили далеко на восток, в Сибирь, вероятно, в ходе переселений или ссылок. Другой пример — Алексей Карлович Кржижановский, родившийся в 1895 году в Люблине, на востоке Польши. Его отчество указывает на немецкое или прибалтийское имя отца (Карл), что не редкость для польских земель, где веками смешивались разные этносы.

Фамилия редкая для России, но хорошо узнаваемая благодаря поэту и переводчику Сигизмунду Кржижановскому (1887–1950), чьё творчество долго оставалось в забвении. Его случай — ещё одно подтверждение, что за польской фамилией может стоять русская культура: сам он родился в Киеве, писал по-русски, а корни вёл из польской шляхты.