Фамилия Кщжухарь — один из тех редких случаев, когда написание настолько необычно, что сразу наводит на мысль об искажении при переписи или адаптации иноязычного слова. Первое, что бросается в глаза: стечение согласных «кщж» нехарактерно для русского языка. Скорее всего, исходная форма была другой, а современный вид — результат нескольких ошибок писаря или диалектного произношения.

Словообразовательная модель нестандартна. Суффикс «-арь» в русских фамилиях обычно указывает на профессию или занятие (например, пекарь, звонарь, писарь). Если отбросить искажённое начало, основа могла звучать как «Кшжух-» или «Кщжух-», что не имеет очевидной славянской этимологии. Наиболее правдоподобная версия: фамилия восходит к украинскому или южнорусскому прозвищу Кщжухарь, которое в свою очередь связано с диалектным глаголом «кщжухати» — в некоторых говорах так называли скрипеть, издавать резкий звук, или же «кщжуха» — нечто ссохшееся, скрюченное. Прозвище могли дать человеку со скрипучим голосом, сутулому или с характерной походкой.

Менее вероятна, но возможна связь с польским или белорусским «księżucha» (уменьшительное от «ксёндз» — священник). В этом случае фамилия могла обозначать «служка при ксёндзе» или «сын священника», но написание претерпело сильное искажение. В пользу этой версии говорит то, что суффикс «-арь» мог закрепиться по аналогии с другими профессиональными прозвищами.

Географически фамилия Кщжухарь встречается крайне редко, единичные носители зафиксированы в основном в южных областях России (Курская, Белгородская области) и на востоке Украины. Это косвенно подтверждает связь с местными говорами, где сохранились архаичные звукосочетания.

Старославянских аналогов у фамилии нет, в дворянские родословные книги она не попадала. Скорее всего, предки носителя были крестьянами или мещанами, а фамилию записали «на слух» при очередной ревизии, допустив характерную для малограмотных писарей замену звуков. Современное написание Кщжухарь — это, по сути, случайно сохранившаяся фонетическая запись старого прозвища, которую уже не исправили.