Фамилия Кужухарь — редкий случай, когда основа слова не оставляет сомнений в занятии предка, но заставляет спорить о деталях. Корень здесь — «кужух», южнорусское и украинское название тулупа или кожуха из овчины. Суффикс «-арь» в восточнославянских фамилиях указывает на мастера или человека по роду деятельности (сравните: бондарь, псарь, звонарь). Таким образом, Кужухарь — это скорняк, овчинник, шубник, тот, кто шил и чинил кожухи.

География фамилии плотно привязана к западу и югу исторической Малороссии. Наибольшее число Кужухарей встречается в Черкасской области, в меньшей степени — в Винницкой и Киевской. В России эта фамилия почти не фиксируется в старых переписях, что указывает на её позднее появление в великорусских губерниях, вероятно, в ходе переселений XIX-XX веков.

Интересна словообразовательная модель. В отличие от массовых фамилий на «-ов/-ев» (Кожухов), форма на «-арь» сохранила прямое профессиональное прозвище без патронимического суффикса. Это характерно для западных и южных земель, где фамилии часто закреплялись в виде чистого названия ремесла (Гончар, Коваль, Кравчук). Кужухарь — не «сын кожухаря», а сам кожухарь.

Версия о связи с тюркским «кужу» (баран) маловероятна. Фонетика слова и бытование фамилии исключительно в зоне оседлого славянского скотоводства и кожевенного дела говорят в пользу славянской основы. Никаких документальных подтверждений тюркского корня в ономастике нет.

Социально фамилия однозначно указывает на ремесленное сословие. Предки носителей этой фамилии не были дворянами или духовенством — они были мастерами, чей труд кормил село. В условиях натурального хозяйства кожухарь был фигурой заметной и уважаемой: без тёплой одежды на зиму не обходился никто.