Фамилия Кажухарь — редкий случай, где основа говорит о занятии предка прямо и почти без искажений. В её центре лежит слово «кажух» или «кожух»: в южнорусских и украинских говорах так называли полушубок, тулуп из овчины, а иногда и верхнюю одежду вообще. Человек по прозвищу Кажухарь — это скорняк, овчинник или портной, шивший кожухи. Суффикс -арь в русских и украинских фамилиях типичен для названий ремесленников (гончар, бондарь, писарь), и Кажухарь встаёт в этот же ряд: мастер по кожухам.

Фамилия не получила стандартного патронимического суффикса -ов или -ин, а застыла в форме чистого прозвища — так бывает, если прозвище закрепилось в документах без переоформления в притяжательную форму. В украинской ономастике такой тип встречается чаще, чем в великорусской, поэтому Кажухарь — скорее всего фамилия украинского или южнорусского происхождения. Встречается она в основном в Черниговской, Полтавской и соседних областях, а также у переселенцев на Кубани.

Есть и вторая версия, менее убедительная: связь с диалектным «кажухатися» — капризничать, ломаться. Но она плохо объясняет суффикс -арь, который указывает на деятеля, а не на свойство характера. К тому же в говорах «кажухарь» как обозначение капризного человека не зафиксировано. Реалистичнее считать фамилию профессиональной.

В написании путаница неизбежна: в метриках XIX века «Кажухарь» могли записать и как «Кожухарь», и как «Кажухарев», и даже «Кожухарев» — под влиянием русской модели фамилий на -ев. Но исходная форма без суффикса сохранилась именно у тех родов, которые долго жили в среде, где прозвище не переделывали в отчество. Носители фамилии сегодня — это потомки овчинников и скорняков, чей труд был востребован в каждом селе, но редко оставлял след в больших документах.