Фамилия Кшенниковы (в мужском роде — Кшенников) — один из тех случаев, где за одним звучанием стоит сразу два возможных корня, и оба по-своему интересны. Первая версия отсылает к церковной сфере. В словаре Владимира Даля «кшенье» означает «крещенье». От этого слова легко могли образовать прозвище Кшенник — так могли назвать человека, совершавшего обряд крещения, то есть священнослужителя. В таком случае фамилия Кшенников — это буквально «сын Кшенника», потомок того, кто крестил.

Вторая версия — географическая и ведет нас на юг России. В Курской, Липецкой и Орловской областях протекает река Кшень. Название реки, по мнению топонимистов, восходит к тюркскому «кош» — «место стоянки обоза», «становище». Если предок семьи жил на берегах Кшени, его могли прозвать Кшенником — по реке, а уже от этого прозвища пошла фамилия. Такая модель (река → прозвище жителя → фамилия) встречается нередко: достаточно вспомнить москвичей, волжан или донцов.

Суффикс -ов- в фамилии — стандартный патронимический формант, указывающий на принадлежность: Кшенников — «чей?» — «Кшенников». Что интересно, в отличие от более частых фамилий на -ин, здесь мы видим именно -ов, что типично для фамилий, образованных от прозвищ с суффиксом -ник (Кшенник → Кшенников). Окончательно выбрать между «церковной» и «речной» гипотезами без генеалогического исследования конкретной семьи невозможно — обе лингвистически состоятельны, и каждая опирается на реальные факты языка и географии.