Фамилия Кшенникова — женская форма от Кшенников. Её основа — прозвище Кшенник, и вокруг его происхождения есть две версии, обе с опорой на реальные источники.

Первая отсылает к церковной среде. Согласно словарю Владимира Даля, «кшенье» означает «крещенье». Если отталкиваться от этого значения, Кшенником могли называть человека, совершавшего обряд крещения, — скорее всего, священнослужителя или церковнослужителя. Фамилия в таком случае хранит память о роде занятий предка, а не о его внешности или характере.

Вторая версия — географическая. На юге России протекает река Кшень (приток Сосны), она пересекает Курскую, Липецкую и Орловскую области. Топоним выводят из тюркского «кош» — место стоянки обоза, временное становище. Житель берегов Кшени или выходец оттуда легко мог получить прозвище Кшенник, которое затем закрепилось как фамильное имя.

Суффикс -ник в основе указывает на принадлежность к месту или занятию (сравните: мельник, плотник). Модель образования фамилии — типичная для русского севера и центра: прозвище на -ник плюс патронимический суффикс -ов. Позднее, при передаче по женской линии, появилась форма Кшенникова.

Какая из версий правдоподобнее? Точных данных нет, но географическая привязка подкреплена реальным гидронимом, а церковная — словарной фиксацией редкого слова. В любом случае, фамилия редкая и нечастотная, что делает её особенно ценной для семейной истории.