Фамилия Кшенёва — женская форма мужской фамилии Кшенёв. Её основа — прозвище Кшень, которое, скорее всего, образовано от диалектного глагола «кшенить» или «кшинить». В русских говорах, особенно в юго-западных и центральных областях, это слово означало «хныкать, плакать, капризничать». Соответственно, Кшенем могли прозвать плаксивого, обидчивого или постоянно жалующегося человека. Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ев присоединялся к основе, оканчивающейся на мягкий согласный (Кшен-ь → Кшен-ев).

Гораздо реже встречается версия, что корень связан со словом «кшень» в значении «мелкая рыба, малёк» — такое прозвище мог получить рыбак или невысокий, щуплый человек. Однако эта гипотеза слабее: во-первых, «кшень» в значении «рыба» фиксируется лишь в отдельных рязанских говорах, а во-вторых, глагольная основа продуктивнее для прозвищ, характеризующих поведение.

В написании фамилии с буквой «ё» (Кшенёва) нет ничего необычного: в русской ономастике «ё» часто сохраняется под ударением, отличая фамилию от варианта Кшенева (если бы ударение падало на другой слог). В документах XIX века фамилию могли писать и как Кшенева, и как Кшенёва — это зависело от местной канцелярской традиции.

Географически фамилия Кшенёв встречается преимущественно в Воронежской, Курской и Липецкой областях — то есть в регионе, где диалектный глагол «кшенить» был в ходу. Это косвенно подтверждает связь прозвища с манерой поведения, а не с рыбой. Среди носителей фамилии не было известных дворянских родов: Кшенёвы — преимущественно крестьянская и мещанская фамилия, что типично для прозвищ, образованных от диалектных черт характера.