Фамилия Кшенина — редкий пример, когда угадывается связь с церковным обрядом. В основе лежит прозвище Кшеня, которое выводят от слова «кшенье». В словаре Даля «кшенье» означает «крещенье» — в старых говорах так называли сам обряд. Если верна эта версия, предок Кшениных мог быть священнослужителем, совершавшим крещение, или человеком, получившим прозвище по этой причастности.

Но есть и другая линия, более земная. Прозвище Кшеня могли дать по реке Кшень, которая течёт в Курской, Липецкой и Орловской областях. Топоним, скорее всего, тюркского происхождения — от слова «кош», то есть «место стоянки обоза». Житель берегов Кшени получал прозвище по реке, и оно закреплялось за ним как основное именование.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Кшенина — «дочь Кшени» или «жена Кшени». В русской ономастике это стандартная модель для фамилий, образованных от прозвищ на -а/-я. Такая форма типична для северных и центральных областей России.

Обе версии не противоречат друг другу: церковная и топонимическая гипотезы могли сойтись в одном роду, если предки Кшениных жили на реке Кшень и одновременно были связаны с приходом. Точных данных о сословной принадлежности нет, но прозвищная основа и суффикс указывают на крестьянскую или мещанскую среду, где фамилии сложились не раньше XVII–XVIII веков.