Фамилия Кшенников образована от прозвища Кшенник, которое, скорее всего, восходит к существительному «кшенье». Даля оно трактуется как «крещенье». Вполне вероятно, что основатель рода Кшенниковых был священнослужителем, совершавшим этот обряд. Согласно другой гипотезе, прозвище Кшенник ведет свое начало от названия реки Кшень, протекающей по территории Курской, Липецкой и Орловской областей. Сам топоним, по мнению исследователей, этимологически связан с тюркским словом «кош», то есть «место стоянки обоза». Так и прозвище Кшенник закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Кшенников. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Кшенник, со временем получил фамилию Кшенников.